STAI At-Taqwa Bondowoso, berdiri setelah melalui proses yang sangat panjang dan penuh keyakinan guna mengharap ridlo Allah SWT. Pada tahun 1988, Yayasan Mahdan Walisongo di Bondowoso pernah mendirikan INAISBO (Institut Agama Islam Bondowoso) sekaligus membuka tiga fakultas, yaitu: tarbiyah, syari’ah, dan dakwah, tetapi pada akhirnya gagal karena belum memperoleh ijin penyelenggaraan dari pihak yang berwenang, sehingga penyelamatan seratus lebih mahasiswa yang sudah 6 semester belajar di INAISBO akhirnya dilakukan merger dan pada tahun 1995, 45 mahasiswa berhasil menamatkan S-1 dari Universitas Islam Jember. Namun demikian, gagasan untuk merintis sebuah perguruan tinggi agama yang mandiri tidak pernah surut, gagasan itu terus bergulir sebagai wacana yang cukup intens di kalangan tokoh agama, tokoh masyarakat, dan intelektual muda.

Hingga gagasan tersebut didiskusikan di Kantor Masjid Agung At-Taqwa (Jum’at, 4 Rabius Tsani 1423 H/14 Juni 2002) dengan pengundang Drs. H. Abd. Halim Soebahar, MA beberapa tokoh hadir, ber-silaturahmidan diskusi mengkritisi plus-minusnya gagasan berdirinya PTAI ditinjau dari beberapa perspektif. Tokoh-tokoh yang hadir antara lain KH. Masrur Masyhud, S.Pd.I, KH. SA. Hodari HS., Drs. KH. Imam Barmawi Burhan, Drs. HM. Kholil Syafi’ie, M.Si, Drs. H. Anwar Adnan, Drs. H. Abd. Halim Soebahar, MA, Drs. Mohammad Siddik, Drs. H. Achmad Sodiq, Drs. Moh. Hosni Syam, Drs. H. Mursyid, Drs. Akhmadi, M.Pd.I, dan Drs. H. Munawir, M.Pd.I, sedangkan yang tidak hadir antara lain Drs. KH. Salwa Arifin, Drs. H. Samsul Hadi, KH. Abdul Qadir dan Drs. H. Sobri Wasil Ghazali, M.Hum. Akhirnya disetujui berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam. Nama PTAInya?, ada yang usul nama STIA Bondowoso, STAIBO, tetapi kemudian sesuai dengan nomenklatur yang tersedia di Departemen Agama RI, akhirnya disepakati STAI At-Taqwa Bondowoso.

Sejak saat inilah kegiatan istighosah di Masjid Agung At-Taqwa sering dilakukan agar upaya mendirikan STAI At-Taqwa Bondowoso selalu mendapatkan barokah dan selalu diridhoi Allah SWT. Selanjutnya, ketika tokoh-tokoh tersebut melakukan silaturahmi dan konsultasi dengan kalangan strategis, seperti: Kepala Depag, Ketua MUI, Ketua DPRD, dan Bupati Bondowoso semua sepakat agar secepatnya diumumkan penerimaan mahasiswa baru mulai tahun akademik 2002/2003. Dengan deadline waktu yang hanya 1 bulan, Adapun distribusi tugas masing-masing adalah :

1. Drs. H. Anwar Adnan sebagai Ketua Tim mempersiapkan surat menyurat dari Yayasan.

2. Drs. KH. Imam Barmawi Burhan dan Drs. HM. Kholil Syafi’ie, M.Si diberi tugas melakukan lobi dengan Kepala Depag, Ketua MUI, Ketua DPRD, dan Bupati.

3. Drs. H. Abd. Halim Soebahar, MA diberi tugas mempersiapkan konsep-konsep strategis izin penyelenggaraan PTAI, seperti: proposal, Statuta, Rencana Induk Pengembangan, borang, dan kelengkapan izin penyelenggaraan STAI At-Taqwa Bondowoso.

4. Drs. H. Munawir, M.Pd.I dan Drs. Akhmadi, M.Pd.I diberi tugas melakukan pendataan lembaga dan siswa MTs/SMP dan MA/SMA/SMK yang ada di Kabupaten Bondowoso.

5. Rifa’i, S.Ag ditunjuk sebagai Ketua pelaksana Penerimaan Mahasiswa Baru dan didampingi oleh Totok Suharto, S.Pd sebagai sekretaris panitia, bertugas untuk mempersiapkan administrasi dan teknis kegiatan penerimaan mahasiswa baru tahun akademik 2002/2003.

Maka pada tanggal 17 Juni 2002, Tim 9 melakukan koordinasi dengan Pengurus Yayasan menyampaikan perkembangan hasil kerja masing-masing. Kemudian pembahasan dilanjutkan dengan membicarakan siapa yang akan menjadi ketua dan pimpinan di STAI At-Taqwa Bondowoso dibawah naungan Yayasan At-Taqwa Bondowoso?. Lalu forum membahas calon ketua yang mengerucut kepada tiga figur diantaranya figur tersebut adalah :

1. Drs. KH. Imam Barmawi Burhan,

2. Drs. H. Abd. Halim Soebahar, MA

3. Drs. HM. Kholil Syafi’ie, M.Si 

Ketiganya menolak dan tidak bersedia, dengan alasan. Pertama, KH. Imam Barmawi Burhan sedang menjabat sebagai Kepala MAN Bondowoso, saya tidak mungkin fokus menangani STAI sebaiknya pilih yang lain saja...., demikian tutur beliau, Drs. H. Abd. Halim Soebahar, MA. Juga tidak bersedia dengan alasan beliau sebagai Dosen di STAIN Jember dan tinggal di jember sekaligus beliau sedang menjabat sebagai Ketua STAIFAS di Kencong. Ketiga, Drs. H. Kholil Syafi’ie, M.Si juga tidak bersedia karena sedang menjabat sebagai Kepala Kantor Departeman Agama Kabupaten Bondowoso. Demikian dinamika yang terjadi di awal berdirinya STAI At-Taqwa Bondowoso. Para tokoh yang sangat kompeten dan diharapkan menjadi dan bersedia, tapi beliau menunjukkan sikap ke-tawadhu’-annya, hanya bersedia sebagai pendukung dan pendampingnya. Sikap hormat pada sesama menjadi tradisi dalam jiwa dan kepemimpinan beliau yang kental tradisi pesantren. Tetapi, setelah pembahasan figur cukup alot, akhirnya forum rapat sepakat dan meminta kesediaan Drs. HM. Kholil Syafi’ie, M.Si sebagai Ketua STAI At-Taqwa Bondowoso, dan akhirnya beliau menerima demi menjalankan amanah dan kemajuan pendidikan di Bondowoso secara umum dan untuk kemajuan pendidikan di bawah naungan Yayasan At-Taqwa Bondowoso khususnya. Saat itu pula dilengkapi susunan personalia pimpinan pada jabatan struktural :

Adapun jabatan struktural Periode Pertama adalah :

1. Drs. H. Kholil Syafi’ie, M.Si (Ketua STAI At-Taqwa Bondowoso).

2. Drs. Akhmadi, M.Pd.I (Pembantu Ketua I, Membidangi Akademik). 

3. Drs. Nurhadi (Pembantu Ketua II, membidangi administrasi umum dan keuangan).

4. Drs. H. Munawir, M.Pd.I (Pembantu Ketua III, membidangi kemahasiswaan).

5. Rifa’i, S.Ag. (sebagai Kepala Pusat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat, atau P3M).

6. Totok Suharto, S.Pd sebagai Kabag Administrasi.

7. Dini Izzatul Millah, S.Pd.I sebagai staf keuangan.

8. Joko Sugiarto sebagai staf administrasi dan perlengkapan.

Maka dengan terbentuknya struktur pimpinan STAI At-Taqwa Bondowoso. Pimpinan bertekad untuk menjadikan STAI At-Taqwa Bondowoso sebagai pendidikan bonafit dan berkualitas di Kabupaten Bondowoso. Dengan semangat ini, maka pimpinan melakukan studi ,merumuskan dan mendesain konsep PTAI, serta mengupayakan surat rekomendasi sebagai bentuk dukungan berdirinya STAI At-Taqwa Bondowoso akhirnya diperoleh dari: Bupati, Ketua MUI, Ketua DPRD, Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Bondowoso, dan rekomendasi secara lisan dari Koordinator KOPERTAIS Wilayah IV Surabaya Jawa Timur untuk memulai membuka pendaftaran mahasiswa baru. Hasilnya, pada tanggal 6 September 2002 STAI At-Taqwa Bondowoso telah menerima mahasiswa baru sebanyak 138 orang, mahasiswa tersebut langsung mengikuti Orientasi Program Studi dan Pengenalan Kampus (OPSPEK) dan seminggu berikutnya (13 September 2002) diadakan kuliah perdana berupa Studium Generale.

Selanjutnya, setelah berkas penyelenggaraan STAI At-Taqwa Bondowoso lengkap, Ketua Yayasan bersama Drs. HM. Kholil Syafi’ie, M.Si, Drs. H. Abd. Halim Soebahar, MA, Drs. Akhmadi, M.Pd.I, Drs. Nurhadi, dan Drs. H. Munawir, M.Pd.I melakukan konsultasi ke Surabaya, setelah sebelumnya melakukan ziarah bersama ke Makam Sunan Ampel dan akhirnya berhasil mendapatkan rekomendasi dari Kopertais Wilayah IV Surabaya dengan Nomor: 132/PP.02.3 Kop. IV/2003 tertanggal 15 Maret 2003. 

Seminggu setelah itu, Drs. HM. Kholil Syafi’ie, M.Si, Drs. H. Abd. Halim Soebahar, MA, dan Drs. Akhmadi, M.Pd.I melakukan konsultasi ke Jakarta, menemui Kasubdit Kelembagaan, Direktur Perguruan Tinggi Agama, dan Dirjen Kelembagaan Agama Islam di Depag Pusat Jakarta, sedang pihak Yayasan dan Mahasiswa terus melakukan istighosah, dan tidak seberapa lama akhirnya STAI At-Taqwa Bondowoso disupervisi. 4 (empat) bulan setelah itu turunlah Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor: Dj. II/247/03 tertanggal 23 Juli 2003 tentang “Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam Jurusan Tarbiyah Program Sarjana (S1) STAI At-Taqwa Bondowoso, Alhamdulillah, perjuangan lahir batin dari semua pihak: yayasan, perintis, dan warga civitas akademika untuk memiliki sebuah PTAI yang mandiri telah tercapai. Jelas, ini merupakan amal jariyah kita semua. Secara perlahan tapi pasti STAI At-Taqwa Bondowoso memperoleh perpanjangan ijin penyelenggaraan dari Dirjen Pendidikan Islam Nomor : Dj.I/201/2008 tertanggal 20 Juni 2008, dan terakhir Bidang Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) STAI At-Taqwa Bondowoso telah terakreditasi berdasarkan SK BAN-PT Nomor : 022/BAN-PT/Ak-XIV/S1/VIII/2011 tertanggal 23 Agustus 2011. 

Fase rintisan awal STAI At Taqwa Bondowoso dipimpin oleh Drs. H.M. Kholil Syafi’ie, M.Si mulai tahun 2002 sampai tahun 2007. Selanjutnya kepemimpinan STAI At Taqwa dilanjutkan oleh Prof. Dr. H. Abd. Halim Soebahar, MA mulai tahun 2007-2013. Pada masa kepemimpinan rintisan kedua STAI At Taqwa dimulai yaitu dengan pengembangan sarana prasarana STAI At Taqwa yang masih dilaksanakan di Masjid Agung At Taqwa. Seiring dengan bertambahnya jumlah mahasiswa maka proses perkuliahan sempat meminjam gedung MTsN 2 Bondowoso untuk perkuliahan. Akhirnya Prof. Dr. H. Abd. Halim Soebahar, MA menginstruksikan Drs. H. Munawir Ulum dengan dibantu H. Mudasir, MM untuk mencari dana pengembangan. Sehingga disepakati untuk pembebasan lahan dan pengembangan STAI At Taqwa ke kampus II. Berdasarkan hasil istikhoroh ketua Yayasan dan pengurus maka disepakatilah pembebasan lahan yang berlokasi di Jl. HOS. Cokroaminoto Kademangan Bondowoso dengan pembelian lahan awal setengah hektar kepada Bapak H. Ro’uf. Sejak tahun 2010 pembangunan fisik STAI At Taqwa di Kademangan mulai dibangun pertama kali dari gedung perkuliahan, hal ini cikal bakal berdirinya bangunan-bangunan berikutnya. Pada periode ketiga Kepemimpinan STAI At Taqwa kembali diamanahkan kepada Drs. H.M. Kholil Syafi’ie, M.Si mulai tahun 2013-2017 pada fase beliau fokus untuk melanjutkan pembangunan gedung kuliah dan pembangunan rektorat terealisasi disamping pembangunan kultur dan peningkatan SDM yang mendorong dosen-dosen untuk kuliah ke jenjang S3. Pada masa kepemimpinan beliau pula diajukan tiga prodi baru yaitu Manajemen Pendidikan Islam (MPI), Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) dan Pendidikan Guru Raudlatul Athfal (PGRA), akhirnya tanggal 25 Juni 2014 Bapak Rifa’I, S.Ag, M.Pd.I dan Suheri, M.Pd.I berangkat ke Jakarta untuk mengajukan pembukaan tiga prodi baru tersebut. Hingga tepat tanggal 20 Januari 2015 Izin penyelenggaraan Prodi Baru untuk Manajemen Pendidikan Islam (MPI) diterbitkan dengan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Islam nomor : 361 tahun 2015 dan  untuk izin penyelenggaraan Prodi Baru Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI). Selanjutnya sejak tahun 2018-2021 periode kepemimpinan STAI At Taqwa Bondowoso diamanahkah kepada bapak Dr. H. Akhmadi, M.Pd.I dengan fokus pada pembangunan sistem, maka sejak tahun 2018 sistem layanan akademik dialihkan dari manual ke digital yang meliputi SIAKAD, website dan jurnal dosen berbasis online. Disamping itu pembangunan fisik untuk RKB IV  terus tuntaskan serta proses akreditasi semua prodi dan institusi dilakukan pada kepemimpinan beliau. Pada periode kelima mulai awal tahun 2022 kepemimpinan STAI At Taqwa Bondowoso diamanahkan kepada Dr. Suheri, S.Pd.I, M.Pd.I. Di masa beliau program-program percepatan dilakukan yaitu percepatan alih status, percepatan kenaikan pangkat Dosen, penataan sistem dengan membuat berbagai buku pedoman dan pembangunan kultur akademik dan spiritual mahasiswa. Hingga tepat pada tanggal 31 Maret 2022 dilakukan submit untuk pengajuan prodi baru yaitu prodi Ekonomi Syari’ah (ES) Fakultas Ekonomi Bisnis Islam (FEBI), Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD) dan prodi Hukum Keluarga (HKI) Fakultas Syari’ah. Tentu target kedepannya yaitu menyegerakan transformasi Alih Status menjadi Institut Agama Islam At Taqwa (INAISTA). Beberapa program unggulan beliau yaitu penguatan kelembagaan dengan menambah prodi baru dan alih status, penguatan sistem tridharma perguruan tinggi, penguatan kultur keagamaan, akademik, organisasi (kinerja) dan peningkatan SDM baik Dosen, tenaga kependidikan dan mahasiswa. Tepat pada tanggal 11 Juli 2023 turun dua izin penyelenggaraan program Studi S1 dan S2 yang diserahkan oleh Direktur Pendidikan Tinggi Islam Prof. Dr. Zainul Hamdi kepada Dr. Suheri, M.Pd.I yang didampingi waket 1 Dr. Agus Fawait, M.Pd.I di Kantor Kementerian Agama RI. Ijin operasional tersebut berisi SK Menteri Agama Tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Ekonomi Syariah Pada Program Sarjana Pada Sekolah Tinggi Agama Islam At Taqwa Bondowoso Nomor 258 Tahun 2023 yang ditetapkan Di Jakarta pada tanggal 16 Maret 2023 dan SK Menteri Agama Tentang Izin Penyelenggaraan Manajemen Pendidikan Islam Untuk Program Magister Pada Sekolah Tinggi Agama Islam At Taqwa Bondowoso Nomor 551 Tahun 2023 yang ditetapkan Di Jakarta pada tanggal 29 Mei 2023. 

Setelah dinilai cukup memenuhi ketentuan dari PMA tahun 2023 tentang syarat perubahan alih bentuk maka STAI At Taqwa Bondowoso segera mengajukan proposal untuk alih bentuk menjadi Institut Agama Islam At Taqwa Bondowoso. Hingga pada penghujung akhir tahun 2023 setelah dilakukan proses Asesment Lapangan dan penilaian direkomendasikan untuk transformasi bentuk menjadi Institut Agama Islam (IAI) At Taqwa Bondowoso. Tepan pada tanggal 15 Januari 2024, Alhamdulillah SK Alih bentuk dari STAI menjadi IAI At Taqwa diterbitkan dengan nomor SK 91 tahun 2024. Sehingga sejak tanggal tersebut secara resmi Kampus Santri ini menjadi Institut Agama Islam At Taqwa Bondowoso. Pada tahun 2024 ini pula berdasarkan SK Menteri Agama RI dengan nomor 595 tahun 2024 secara resmi IAI At Taqwa telah membuka prodi baru yakni Progran Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD) untuk menyiapkan SDM guru KB, PIAUD/PAUD, TK ataupun RA.

Namun demikian, sebagai PTAI yang baru berdiri, segala pengembangan tetap mengacu pada peta jalan (Road Map) berbentuk Rencana induk pengembangan, renstra dan renop sebagai upaya memberikan arah, motivasi dan kepastian cita-cita yang hendak diwujudkan sesuai khittah dan Pedoman Dasar & Pedoman Rumah Tangga Yayasan At Taqwa. Karena itu, sudah waktunya jika visi dan misi IAI At-Taqwa Bondowoso itu diimplementasikan. Implementasi visi dan misi itu penting untuk menyatukan persepsi, pandangan, cita-cita, harapan-harapan dan impian semua pendiri, perintis Yayasan At Taqwa dan semua pihak yang terlibat langsung dalam sejarah perintisan dan pengembangan IAI At-Taqwa Bondowoso kedepannya. Bagaimanapun membangun Perguruan tinggi ini adalah tugas bersama yang terus dilanjutkan secara estafet dan memajukan IAI At Taqwa Bondowoso merupakan mimpi bersama yang harus diwujudkan dengan terus membangun kemajuan dengan bersinergi dan berkolaborasi oleh semua elemen dan unsur.