Program Studi Manajemen Pendidikan Islam merupakan salah satu program studi yang ada di lingkungan Sekolah Tinggi Agama Islam At-Taqwa Bondowoso, yang lahir berdasarkan Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Nomor 361 TAHUN 2015 tanggal 20 Januari 2015 tentang Pendirian Program Studi Manajemen pendidikan Islam Sekolah Tinggi Agama Islam At-Taqwa Bondowoso dan sesuai dengan PMA No. 36 Tahun 2009 tentang Penetapan Pembidangan Ilmu dan Gelar akademik di lingkungan Perguruan Tinggi Agama Islam. 

Program Studi Manajemen Pendidikan Islam merupakan program studi yang prestisius dan prospektif dalam konteks pengembangan dan peningkatan mutu manajemen lembaga-lembaga pendidikan Islam. Selain itu, program studi ini juga merupakan program studi yang telah lama dinantikan oleh stakeholders dan user. Eksistensi Program Studi ini didasari atas pemikiran dan fakta tentang perlunya lembaga-lembaga pendidikan Islam dikelola dengan standar mutu. Agar lembaga-lembaga pendidikan Islam dikelola dengan standar mutu, diperlukan adanya manajer pendidikan Islam yang memiliki kualifikasi dan kompetensi sesuai dengan latar belakang pendidikannya. Atas pertimbangan kondisi tersebut, program studi MPI dituntut menyiapkan lulusannya menjadi manajer-manajer pendidikan Islam yang bermutu.

Dalam Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2012 dan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 73 Tahun 2013, mengharuskan perguruan tinggi termasuk Sekolah Tinggi Agama Islam At-Taqwa Bondowoso melakukan Perbaikan kurikulum secara serentak paling lambat Tahun Ajaran 2016/2017 untuk Implementasi KKNI bidang pendidikan tinggi ditandai pula dengan Perpres Nomor 8 Tahun 2012. Terdapat  beberapa alasan perlunya Perbaikan kurikulum Sekolah Tinggi Agama Islam At-Taqwa Bondowoso, termasuk di dalamnya Program Studi Manajemen Pendidikan Islam. Pertama, dalam rangka menghadapi Era Globalisasi, pendidikan tinggi di luar dan dalam negeri disetarakan kualitasnya. Sementara itu, secara sumberdaya,