STAI At-Taqwa Bondowoso berdiri setelah melalui proses yang sangat panjang dan penuh keyakinan, semata-mata mengharap ridha Allah SWT. Pada tahun 1988, Yayasan Mahdan Walisongo di Bondowoso pernah mendirikan INAISBO (Institut Agama Islam Bondowoso) dengan membuka tiga fakultas: Tarbiyah, Syari’ah, dan Dakwah. Namun, gagasan tersebut belum memperoleh izin penyelenggaraan dari pihak berwenang, sehingga pada akhirnya gagal. Untuk menyelamatkan lebih dari 100 mahasiswa yang telah menempuh studi hingga semester enam, dilakukan merger dan pada tahun 1995, sebanyak 45 mahasiswa berhasil menyelesaikan studi S-1 di Universitas Islam Jember.
Semangat untuk mendirikan perguruan tinggi agama Islam yang mandiri tidak pernah surut. Gagasan ini terus bergulir di kalangan tokoh agama, tokoh masyarakat, dan intelektual muda. Hingga pada Jumat, 14 Juni 2002 (4 Rabiul Tsani 1423 H), diskusi resmi diselenggarakan di Kantor Masjid Agung At-Taqwa, dipimpin oleh Drs. H. Abd. Halim Soebahar, MA. Hadir dalam diskusi tersebut beberapa tokoh penting, di antaranya: KH. Masrur Masyhud, KH. SA. Hodari HS., Drs. KH. Imam Barmawi Burhan, Drs. HM. Kholil Syafi’ie, dan lain-lain. Dari diskusi itu disepakati berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) dan nama yang dipilih adalah STAI At-Taqwa Bondowoso.
Istighosah rutin dilakukan di Masjid Agung At-Taqwa sebagai bentuk spiritualitas dalam upaya mendirikan STAI At-Taqwa. Kemudian dilakukan silaturahmi ke berbagai pihak strategis seperti Kepala Depag, Ketua MUI, Ketua DPRD, dan Bupati Bondowoso. Semuanya menyambut baik dan mendukung segera dimulainya penerimaan mahasiswa baru pada tahun akademik 2002/2003.
Distribusi tugas pun dibagi dengan jelas, antara lain: Drs. H. Anwar Adnan sebagai Ketua Tim persiapan administrasi, Drs. KH. Imam Barmawi Burhan dan Drs. HM. Kholil Syafi’ie bertugas melobi pejabat, Drs. H. Abd. Halim Soebahar menyiapkan proposal dan dokumen penyelenggaraan, serta tim lainnya mengurusi pendataan calon mahasiswa dan persiapan teknis penerimaan mahasiswa baru.
Setelah rapat koordinasi pada 17 Juni 2002, forum membahas calon Ketua STAI At-Taqwa. Meski sempat terjadi penolakan oleh tiga tokoh utama karena kesibukan jabatan masing-masing, akhirnya forum sepakat menunjuk Drs. HM. Kholil Syafi’ie, M.Si sebagai Ketua STAI At-Taqwa Bondowoso. Struktur kepemimpinan pun terbentuk lengkap untuk memulai operasional kampus.
Dengan rekomendasi dari berbagai pihak dan kerja keras seluruh elemen, STAI At-Taqwa resmi menerima mahasiswa baru sebanyak 138 orang pada 6 September 2002. Kuliah perdana dilaksanakan pada 13 September 2002. Izin resmi penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam Jurusan Tarbiyah Program Sarjana (S1) diperoleh pada 23 Juli 2003 melalui SK Dirjen Kelembagaan Agama Islam Nomor: Dj.II/247/03.
Fase awal kepemimpinan (2002–2007) dipimpin oleh Drs. HM. Kholil Syafi’ie, M.Si. Selanjutnya, pada periode 2007–2013, kepemimpinan dipegang oleh Prof. Dr. H. Abd. Halim Soebahar, MA. Di masa ini dilakukan pengembangan sarana prasarana, termasuk pembebasan lahan dan pembangunan kampus II di Jl. HOS Cokroaminoto, Kademangan. Pembangunan fisik dimulai tahun 2010.
Periode ketiga (2013–2017) kembali dipimpin oleh Drs. HM. Kholil Syafi’ie, M.Si, dengan fokus pada pembangunan gedung dan pengajuan prodi baru: MPI, PGMI, dan PGRA. Izin MPI diterbitkan pada 20 Januari 2015 melalui SK Dirjen Pendidikan Islam Nomor: 361 tahun 2015.
Periode keempat (2018–2021) dipimpin oleh Dr. H. Akhmadi, M.Pd.I. Fokus utama pada digitalisasi layanan akademik (SIAKAD, website, jurnal online) serta pembangunan gedung RKB IV dan peningkatan mutu akreditasi.
Pada awal 2022, Dr. Suheri, S.Pd.I, M.Pd.I diamanahkan memimpin STAI At-Taqwa. Beliau membawa semangat percepatan alih status, penambahan prodi baru, dan peningkatan kultur akademik serta spiritual. Tepat pada 11 Juli 2023, STAI At-Taqwa memperoleh izin penyelenggaraan dua program studi baru: Ekonomi Syariah (S1) dan Manajemen Pendidikan Islam (S2).
Setelah memenuhi syarat perubahan bentuk, STAI At-Taqwa resmi berubah status menjadi Institut Agama Islam (IAI) At-Taqwa Bondowoso berdasarkan SK No. 91 Tahun 2024 tertanggal 15 Januari 2024. Selanjutnya, pada tahun yang sama, IAI At-Taqwa membuka program studi Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD) melalui SK No. 595 Tahun 2024.
Sebagai institusi yang baru bertransformasi, pengembangan IAI At-Taqwa tetap mengacu pada peta jalan berupa Rencana Induk Pengembangan (RIP), Rencana Strategis (Renstra), dan Rencana Operasional (Renop). Implementasi visi dan misi menjadi penting demi menyatukan semangat, cita-cita, dan komitmen seluruh pihak untuk mewujudkan perguruan tinggi Islam yang unggul dan mandiri di masa depan. Kemajuan IAI At-Taqwa adalah amanah bersama yang terus diwariskan secara estafet dan dijalankan dengan sinergi serta kolaborasi semua elemen.