Ujian komprehensif dilaksanakan dalam dua tahapan, yaitu ujian tulis dan ujian lisan. Pada ujian tulis, mahasiswa diminta untuk menjawab sejumlah pertanyaan yang berkaitan dengan bidang keilmuan yang telah mereka pelajari selama masa perkuliahan. Sementara itu, pada tahap ujian lisan, mahasiswa diuji secara langsung oleh para penguji untuk menilai pemahaman, kemampuan analisis, serta kesiapan akademik mereka.

‎Melalui ujian komprehensif ini, pihak kampus berharap mahasiswa mampu menunjukkan penguasaan terhadap disiplin ilmu yang telah dipelajari selama menempuh pendidikan di bangku perkuliahan. Selain itu, ujian ini juga menjadi salah satu indikator kesiapan mahasiswa sebelum melanjutkan ke tahap berikutnya, yaitu penyusunan dan penyelesaian tugas akhir.

‎Pelaksanaan ujian komprehensif ini menjadi bagian penting dalam menjaga kualitas akademik serta memastikan bahwa lulusan IAI At-Taqwa Bondowoso memiliki kompetensi yang baik, baik dari segi keilmuan maupun kesiapan dalam mengaplikasikan ilmu di tengah masyarakat. Dengan adanya tahapan ini, diharapkan para mahasiswa dapat semakin siap melangkah menuju proses akhir studi hingga akhirnya menyelesaikan pendidikan dengan hasil yang optimal.